מחסום קלקיליה נמצא ביציאה מהעיר המכותרת מכל עבריה על הכביש היוצא מהעיר לכיוון מזרח, ומתחבר לאחר 1 ק"מ לכביש 55. כשהמחסום היה פעיל, עד 2009 צפו המשמרות בתורים ארוכים של מכוניות הנבדקות ביציאה היחידה מהעיר לשאר יישובי הגדה. המחסום בוטל, אך יש נוכחות צבאית במחנה שבכניסה לעיר.
