ועדת הערעורים קבעה שהמציאות הביטחונית מחייבת את הקמת הגדר. היא דחתה את התוואי החלופי שהוצע, בתחתית נחל גילה, כך שהאדמות החקלאיות והמנזרים יישארו בצד הפלסטיני, שכן לפי הוועדה תוואי זה מצוי בנחיתות טופוגרפית ולא ימלא את תפקידו הביטחוני.

מלבד המנזר, הנפגעים העיקריים של תוואי הגדר יהיו תושבי בית ג'אלה, ש-3000 דונם מאדמותיהם יישארו בצד הישראלי והם יהיו תלויים במעבר בשערים לעבד אותן. "תושבי בית ג'אלה המומים מפסק הדין", אומר מי שייצג את הפלסטינים, עו"ד גיאת נאסר. "התוואי יוצר טבעת חנק סביב בית ג'אלה וסוגר את המפלט האחרון של העיר, אזור ההתפתחות שלה. זאת, כדי ליצור רצף התנחלותי בין הר גילה לגילה".

נאסר הוסיף שבדעתו לערער על ההחלטה לבג"ץ. גם המרכז הקתולי לזכויות אדם, סנט איב, שיצג את המנזר, הודיע שבכוונתו לערער על ההחלטה לבג"ץ. 

חברי הוועדה, שמעמדם מעמד שופטים, דחו גם את הטענה שהקמת הגדר תפר את האמנות שחתמו ישראל והוותיקן בנוגע למקומות הקדושים. זאת, לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה חיווה את דעתו שהקמת הגדר אינה מפירה את האמנות וכי ניתן לפצות את המנזרים על הפגיעה בהם.

חברי הוועדה דחו גם את חוות הדעת של הארכיטקטית פרופ' ג'ודי גרין, שהתריעה מפגיעה בנוף הטראסות באזור. "אכן לא יכול להיות חולק כי כל גדר שתבנה באזור תפגע בנוף היפה, אולם משקבענו, בהמשך לקביעות קודמות של בג"ץ והוועדה, כי גדר באזור היא כורח מציאות ביטחונית, הרי שתוואי כלשהו של הגדר יבנה בסופו של דבר ויפגע בנוף היפה ובערכי הטבע וחקלאות הטראסות", נכתב בהחלטה. 

קטע הגדר שאושר עתה הוא השלב האחרון כמעט בהקפת ירושלים בגדר ההפרדה. הגדר סביב הכפר וואלג'ה כמעט הושלמה והדיון בבג"ץ, בעניין הגדר העתידה לפגוע בטראסות העתיקות באזור הכפר בתיר, יימשך ביום רביעי. 

לטענת אל"מ (מיל') שאול אריאלי, מהמועצה לשלום וביטחון,  "בפסק הדין הזה מאפשר בית המשפט להשלים שלב נוסף בגדר ההפרדה, שהתוואי שלו, כמו שהוכח פעמים רבות בבג"ץ, מונע ביסודו משיקולים מדיניים התנחלותיים, לעיתים גם על חשבון פגיעה בצרכים ביטחוניים. בקטע הזה, הכוונה היא לספח את כל המרחב שבין ירושלים לגוש עציון וביתר עלית, בניגוד להבנות שהיו במשא ומתן בין ישראל לאש"ף". אריאלי הוסיף שהוועדה לא איפשרה למועצה לשלום וביטחון להציג לה תוואי חלופי שהיה ממזער את הפגיעה בפלסטינים ובמנזרים.