היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, הוציא הנחייה לפיה לא ייפגעו זכויותיהם של תושבים פלסטינים בירושלים המחזיקים בתעודת זהות ישראלית למרות שהם מתגוררים מחוץ לשטח המוניציפלי של העיר. זאת בתנאי שהם מתגוררים מצדה המערבי של גדר ההפרדה. ההחלטה מחזקת את מעמד גדר ההפרדה כגבולה האמיתי של ירושלים. עם זאת, וינשטיין קבע כי ההוראה המקלה לא תחול על פלסטינים שעברו לגור באותם שטחים לאחר הקמת גדר ההפרדה, אלא רק על אלה שהתגוררו שם לפני כן.

ברוב המקומות חופפת גדר ההפרדה את הגבול המוניציפלי של העיר, כפי שנקבע לאחר איחודה ב-1967. אולם במספר אזורים אין חפיפה כזו. כך נוצר מצב בו עשרות אלפי תושבים פלסטינים חיים בשטח ירושלים, אך מעבר לגדר ההפרדה, מה שגרם לפגיעה קשה באיכות חייהם ובאיכות השירותים שהם מקבלים מהעירייה.

במקומות אחרים – כמו בשכונות צור באהר ובשכונת הדואר, נוצר מצב הפוך בו נותרו שטחים שהם מחוץ לשטח המוניציפלי של הבירה, אך מצדה הישראלי של גדר ההפרדה. על פי החוק, פלסטיני שעבר להתגורר מחוץ לגבולות ירושלים מאבד את מעמד התושבות הישראלית שלו ואת זכויותיו לקבל גמלאות מביטוח לאומי. במקרים רבים הפסיק ביטוח לאומי תשלומים לתושבים פלסטינים רק משום שעברו להתגורר במרחק של מטרים ספורים מגבול העיר. היו גם מספר מקרים בהם הגבול חצה את הבית עצמו ואז נאלץ בית המשפט להכריע האם חדר השינה והסלון נמצאים בירושלים או מחוצה לה.

בשנה האחרונה גיבש ראש העיר ירושלים, ניר ברקת, תוכנית שהוצגה לראש הממשלה ולצה"ל לפיה ישונה המצב בשטח כך שתגבר ההתאמה בין הגדר לבין הגבול המוניציפלי. לטענת ברקת העירייה אינה יכולה לספק שירותים ראויים מהצד השני של הגדר ועל כן יש להעביר את האחריות על השירותים שם לידי המנהל האזרחי. מנגד מסכים ברקת לקבל על עצמו לדאוג לתושבים הפלסטינים, גם אילו שאינם תושבי ישראל, שנותרו בצדה הישראלי של הגדר. התוכנית נדחתה לפי שעה, יש להניח שבשל המשמעות המדינית שלה.

בעקבות מספר תביעות של פלסטינים נגד הביטוח הלאומי בדרישה להשיב להם את זכויותיהם שכן הם מתגוררים מצדה הישראלי של הגדר הגיע הנושא לשולחנו של היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין. בהודעה שמסר היום המוסד לביטוח לאומי לבית הדין האזורי לעבודה בירושלים, לאור הנחייתו של ויינשטיין, נקבעה הגדרה חדשה ל"שטח מיוחד" – השטח הכלוא בין הגבול המוניציפלי לבין גדר ההפרדה. בהודעה מסכים הביטוח הלאומי כי מי שמתגורר בשטח זה כאילו התגורר בשטח ישראל וזכויותיו לא ישללו. זאת "כל עוד המצב המשפטי והמדיני יעמוד בתוקפו כפי שהוא היום".