בית המשפט הצבאי בכלא שקמה אשקלון, נמצא בקומה השנייה באחד המבנים של הכלא, באזור התעשייה של אשקלון. במתקן הכליאה מחזיק השב"כ עצורים מהשטחים וחוקר אותם שם. בבית המשפט דנים אך ורק בהארכות מעצר של העצורים הנתונים בחקירה, לפני הגשת כתב אישום נגדם. חלק מהעצורים אינן מיוצגים על ידי עורך דין (סנגור); רובם מיוצגים על ידי עורכי דין מעמותות פלסטיניות המספקות ייצוג משפטי לעצורים; אחרים מיוצגים על ידי עורכי דין פרטיים, גם מישראל. חלק מהעצירים המובאים לכאן מנועים מלהיפגש עם עורך הדין שלהם עוד מאז שנעצרו, ובדיון בעניינם לא נוכח סנגור. בית המשפט הצבאי פועל לפי החוק החל בשטחים. הדיונים מתקיימים בימי שני וחמישי. כיוון שבית משפט זה נמצא בתחום ישראל, הדבר מקשה מאוד על בני המשפחה ועורכי הדין מהשטחים להגיע לדיונים.

בית המשפט הצבאי במתקן המעצר קישון, ג'למה, נמצא במתחם בית המעצר המשטרתי קישון, סמוך לצומת העמקים ליד קיבוץ יגור. במקום אולם אחד מסודר וממוזג. במתקן המעצר מוחזקים עצורים מהשטחים והשב"כ חוקר אותם שם. בבית המשפט דנים רק בהארכות מעצר של העצורים הנתונים בחקירה, לפני הגשת כתב אישום נגדם. חלק מן העצורים אינם מיוצגים על ידי עורך דין (סנגור); רובם מיוצגים על ידי עורכי דין מעמותות פלסטיניות המספקות להם ייצוג משפטי; אחרים מיוצגים על ידי עורכי דין פרטיים, גם מישראל. חלק מהעצירים המובאים לכאן מנועים מלהיפגש עם עורך הדין שלהם עוד מאז שנעצרו לראשונה ולכן בדיון בעניינם לא נוכח סנגור. בית המשפט הצבאי פועל לפי החוק החל בשטחים. כיוון שבית משפט זה נמצא בתחום ישראל, הדבר מקשה מאוד על בני משפחה ועורכי הדין מהשטחים להגיע לדיונים. הדיונים מתקיימים רק בימי שלישי.